物质分析检测实验室主要开展中医药研究中相关物质的定量、定性分析及结构鉴定工作，为中医理论研究、中医药代谢组学、药代动力学、中药复方药效物质成分分析、中药制剂等科学研究提供高标准的技术支撑。是国家认监委认证的第三方检测机构（CMA）、首都科技条件平台—中国中医科学院研发实验服务基地、“道地药材国家重点实验室”培育基地之一。现有工作人员10余人，其中研究员3人，副研究员2人，博士4人、硕士2人。拥有近2000万元先进分析仪器设备，实行开放式管理，面向全院及全社会中医药研究领域，提供高水平、标准化的实验研究平台和实验共享服务。
科研方向
● 中医药网络药理学研究平台
综合应用药物分析技术和网络药理学方法，检测中药材、中药制剂、保健食品、化妆品的化学成分，筛选中药材、中药制剂的潜在活性成分，预测相关疾病的作用靶点，探讨中药治疗目标疾病的作用机制。通过构建中药方剂“化学成分-作用靶标-疾病靶标-PPI 网络”多维网络，从分子层次阐释中药方剂作用原理。应用于中药药效、作用原理；方剂配伍的科学内涵；中药药性与疗效的相关性；药物的新适应症的重新定位等相关领域的研究，中药材质量控制标准（质量标志物）研究。首次建立中药抗菌机制的网络药理学方法建立，并开展中药干预胃轻瘫、脑梗塞等疾病的作用机制和组方配伍合理性研究，为各级课题和制药单位提供了服务。
● 中医药代谢组学
采用整体性的代谢组学方法与中医整体观念相结合的研究思路，利用LC-MS/MS 技术和多种不同类型的数据分析方法，建立了系统的代谢组学分析方法，将其用于中药复方疗效评价及中药质量控制的研究中。
● 代谢动力学研究平台
代谢动力学是中医药研发链条中的重要环节，贯穿中医药研究过程的始终，目前的主要研究领域包括：申报临床试验开展的创新药物临床前药代研究及其他类新药药代研究；中药制剂产品药代研究；探明各物质成分的代谢性质及限制因素，以阐明中医药疗效的物质基础；开展体外吸收试验、体外代谢试验、药物动力学筛选、代谢稳定性筛选，以预估单体成分的成药性；复方配伍或多种药物同时使用时，通过药物动力学研究检测药物间的相互作用，可以设法避免或降低药物间的不良反应；开展仿制药一致性评价、药代动力学、生物等效性等新药研发工作。该项目获得了国家自然基金等各级课题的支持，并开展对外服务工作。
● 新药及保健品研发
长期致力于各类剂型工艺研究、质量标准等药学类研究。已经与国际、国内著名研究机构和制药公司如：Coca calo、烟台巨先药业、中科乐人（北京）科技有限公司、江西青峰药业、山东吉生源药业、吉林一正药业等大型企业或上市公司建立产学研合作联盟，作为年轻机构完成10余项保健食品、新药的开发工作，注重先进技术体系的建立应用和相关基础理论研究，在促进新药产学研结合中发挥重要作用。
● 神经递质分析检测
建立了液质联用技术测定多种神经递质的方法。可对血样、组织样本、脑透析液中乙酰胆碱及多种神经递质进行快速检测。该方法为多个国家自然基金课题及其他课题和单位提供了服务。
● 氨基酸分析检测
对发现的氨基酸类内源性小分子标志物成分进行了定量LC-MS/MS分析方法研究，解决了体内氨基酸等代谢物难以直接检测及定量分析的关键技术问题。目前已经建立了快速准确的多种氨基酸检测方法。该项目获得了国家自然基金的支持。
● 成分的鉴别分析
运用串联质谱技术在系统地研究了多种药用植物中不同类型天然产物的分子鉴别及其质谱行为的基础上，建立起对复杂药用植物中常量及微量成分分析的高效、快速的质谱分析方法平台，从而快速鉴定或推测中药及复方中多种成分和未知化合物。其中对炮制前后何首乌中蒽醌类以及二苯乙烯类成分进行多级质谱裂解规律研究成果已联名发表到Planta Med.（IF 2.037 ）。
可提供的技术服务
● 定量分析技术
● 定性分析技术
●提取及分离纯化技术
●新药及保健品研发
●中药材质量标准研究
●农残快速检测
●体外组织成像技术
●药代动力学研究（动物/人体）
●保健食品质量标准研究
●新药稳定性研究（加速稳定性、长期稳定性）
●中药（制剂）复杂成分定性、定量研究
●中药血清化学研究
●网络药理学研究
●中医药代谢组学
●神经递质分析检测